日本公司有以義務在當地經營及商業活動那個繳納企業所得稅。資本金1億日元以下，且年凈收入金額在800萬日元以下，按照15%收取（企業所得稅15%），如果年凈收入金額在800萬日元以上，按照33.58%收取（日本實效稅率33.58%）。每年需報稅及每年進行財務記賬及稅務申報。可委托當地稅理士事務所處理。

日本公司稅務申報和稅金繳納分為期中申報繳納和最終申報繳納兩期。

1、期中申報

繳稅期中申報故名思議，就是指當某公司的會計年度超過6個月，需要在該會計年度開始之日起計滿6個月后，在其后2個月內提交前6月的稅務申報表，并繳納相應稅金（也可簡單理解為稅務半年報）。

2、最終申報

繳納需要在財務年度結束后2個月內，依據股東大會展示的財務報告為基礎，進行稅務申報并繳納相應稅金（主要為法人稅、法人居民稅、事業稅等）。但如果日本公司因特殊事件而無法按時申報稅務（如審計工作未結束而無法形成財務報告，或其他不可抗力因素），可向日本稅務署申請延期報稅，當稅務署署長同意后，日本公司報稅時間才能延后。

日本作為亞洲發展較早的資本主義國家，擁有一整套完整且健全的公司管理制度，并且制定了嚴格的稅收管理法例。對于日本離岸公司來說，由于其并未在日本本土實際經營，因此并不需要向日本政府繳納稅金，但仍需要依照稅務法律規定，進行稅務申報（零申報）。