由于菲律賓政府部門冗雜，公司注冊的流程也較為漫長，一般在2-3個月左右。完成注冊后拿到公司執照或許可證等完整文件，公司可在菲律賓合法經營。完整公司注冊流程四步驟：

1）SEC/DTI注冊

貿工部（DTI）或證券交易委員會（SEC）核名，提交經營內容/公司章程

2）LGU注冊

向注冊地所在街道、市政府登記注冊，申請商業許可證

3）BIR注冊

向稅務局提供登記許可證，并請求核準設立

4）其他

去不同政府機關，為公司員工辦理福利項目，比如：社會保險局、菲律賓健康保險局、住房公積金（這一步需公司名下已有雇員并希望申報）

有些行業還需要另外申請特殊行業許可證。比較常見的包括以下行業：

進口消費品

出口許可

涉及食品、化妝品、藥品、玩具等產品生產銷售企業

旅游業者(包括酒店業與旅行業者)

大眾運輸營運

通訊行業

支付、金融行業

媒體

建筑行業、礦業

持專業執照合伙公司(如律所及會計審計所、建筑事務所等)

醫院、診所、藥房等